Z hlediska námitek obsažených v kasační stížnosti je nutno se v první řadě zabývat názorem Městského soudu v Praze, že pokyn D-144 pouze orientačně určuje, do jaké lhůty mají být řízení vedená správcem daně ukončena. Z tohoto názoru Městského soudu v Praze vyplývá, že soud má za to (jakkoli to v jeho rozsudku není takto explicitně vyjádřeno), že – jelikož pokyn D-144 není obecně závazným právním předpisem – jeho porušení nemůže bez dalšího znamenat porušení subjektivních veřejných práv účastníka řízení podle daňového řádu. Není pochyb, že pokyn D-144 není obecně závazným právním předpisem, nýbrž vnitřním předpisem, který určuje, jak mají postupovat finanční ředitelství, tj. orgány podrobené řídicí pravomoci Ministerstva financí ve smyslu § 11 písm. a) zákona ČNR č. 531/1990 Sb., o územních finančních orgánech, a těmto finančním ředitelstvím podřízené [§ 9 písm. a) zákona ČNR č. 531/1990 Sb., o územních finančních orgánech] finanční úřady. Není pochyb o tom, že uvedený vnitřní předpis ministerstva nemůže upravovat práva a povinnosti soukromých osob, nýbrž může toliko ukládat úkoly osobám podléhajícím řídicí pravomoci toho, kdo vnitřní předpis vydává. Uvedený vnitřní předpis však není pro soukromé osoby, jichž se činnost finančních úřadů dotýká, tj. pro daňové subjekty, bez právního významu. Pokyn D-144 totiž finančním úřadům konkrétně ukládá, v jakých časových dimenzích musí uzavírat vytýkací řízení. Pokyn stanovuje zcela konkrétní lhůty, v nichž se tak má stát, zcela konkrétní podmínky začátku běhu těchto lhůt a jejich přerušení, jakož i zcela konkrétní a jednoznačně formulované podmínky možného prodloužení základních lhůt pro uzavření vytýkacího řízení, včetně specifikace orgánů, které o prodloužení lhůt rozhodují. Pokynem D-144 správní orgán sám sobě v rámci pravomocí stanovených mu zákonem (který žádné konkrétní maximální lhůty pro uzavření vytýkacího řízení ani v § 43 daňového řádu ani v jiném předpisu neurčuje) a bez toho, aby se jakkoli dotkl zákonem zaručených práv soukromých osob, stanovil pro abstraktně definovaný okruh případů pravidla přísnější, než která na něj klade zákon. Tato přísnější pravidla finanční úřady nepochybně všeobecně dodržují a pracovníci těchto úřadů považují za nezbytné tak činit. To ostatně plyne i z vyjádření žalovaného, který tvrdí, že lhůty stanovené pokynem D-144 dodržel a že si jich je vědom. Není tedy pochyb, že na základě pokynu D-144 se vytvořila správní praxe, která spočívá v tom, že vytýkací řízení se uzavírají ve lhůtách a podle pravidel případného prodlužování těchto lhůt stanovených v pokynu D-144. Jestliže se takováto praxe vytvořila, správní orgán se od ní nemůže v jednotlivém případě odchýlit, neboť takový jeho postup by byl libovůlí, která je v právním státě (viz čl. 1 odst. 1 Ústavy) nepřípustná. Ze zásady zákazu libovůle a neodůvodněně nerovného zacházení (viz čl. 1 věta první Listiny základních práv a svobod) vyplývá princip vázanosti správního orgánu vlastní správní praxí v případě, že mu zákon dává prostor pro uvážení, pokud se taková praxe vytvořila; prostorem pro uvážení je zde nutno rozumět i to, v jaké lhůtě správní orgán ve věci rozhodne, není-li taková lhůta právním předpisem konkrétně stanovena. Tento princip je ve vyspělých právních systémech západní Evropy běžně uznáván (v Německu
„Selbstbindung der Verwaltung“
, viz k tomu v německé literatuře např. Eyermann: Verwaltungsgerichtsordnung. Kommentar. 11. vyd., C. H. Beck, München 2000, str. 1010 - 1011; Peine: Allgemeines Verwaltungsrecht. 4. vyd. C. F. Müller, Heidelberg 1998, zejm. str. 35 - 36; Sachs: Grundgesetz. Kommentar. 1. vyd. C. H. Beck, München 1996, str. 207 - 208; komplexní pojednání viz Maunz-Dürig: Grundgesetz. Kommentar. Svazek I. 8. vyd., komentář k čl. 3 Základního zákona, marg. č. 428 - 474). Je-li určitá správní praxe upravena vnitřním předpisem, je přípustné (a zároveň nutné) se od něho výjimečně odchýlit v konkrétním případě, jde-li o případ zvláštní a atypický (viz Eyermann, cit. dílo, str. 1011; Maunz-Dürig, cit. dílo, marg. č. 446 - 459); pokyn D-144 s takovou eventualitou sám počítá ve svém čl. I větách páté a šesté. Obecně se odchýlit od určité správní praxe, jež se vytvořila, správní orgán může, avšak zásadně pouze
, z racionálních důvodů a pro všechny případy, kterých se praxí zavedený postup správního orgánu dotýká. Je tedy nepochybně možné změnit pokyn D-144 a stanovit pro uzavírání vytýkacích řízení jiné lhůty a jiné podmínky jejich uplatnění, resp. prodlužování, anebo nestanovit lhůty žádné, ovšem něco takového může platit pouze do budoucna (změna či zrušení lhůt by tedy nemohla zpětně ospravedlnit porušení povinnosti rozhodovat ve lhůtách podle pokynu D-144, ke kterému došlo v minulosti) a pro všechny případy uzavírání vytýkacích řízení (nemohla by tedy obstát praxe, že v jednotlivých případech nelišících se typově od případů ostatních by lhůty nebyly dodržovány, třebaže v zásadě, tj. v převážné většině případů, ano).
Na okraj nutno poznamenat, že i v rámci lhůt podle pokynu D-144 musí správce daně ve vytýkacím řízení postupovat v každém jednotlivém případě účelně a tak, aby je skončil v přiměřené lhůtě – v řadě případů tedy i dříve než při plném vyčerpání lhůt podle pokynu D-144; vytýkací řízení nemůže svévolně přerušit a odložit jeho pokračování na pozdější dobu a jednotlivé kroky tohoto řízení musí po sobě následovat v přiměřených časových intervalech. Uvedená pravidla nutno považovat za základní zásady daňového řízení, které plynou zejména z § 2 odst. 1 a 2 daňového řádu, jež patří v daňovém řízení k ustanovením, v nichž se promítá a na rovině jednoduchého práva konkretizuje právo na spravedlivý proces garantované zejména v čl. 36 odst. 1 Listiny základních práv a svobod [srov. k tomu též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9.12.2004, čj. 7 Afs 22/2003-109 (nepublikováno)].
Z výše uvedeného vyplývá dílčí závěr, že Městský soud v Praze nepostupoval správně, pokud nezkoumal, zda v případě stěžovatele byly či nebyly ve vytýkacím řízení lhůty podle pokynu D-144 dodrženy, jelikož dospěl k závěru, že tyto lhůty nejsou pro žalovaného právně závazné. Žalobou na ochranu proti nečinnosti podle § 79 a násl. s. ř. s. se totiž lze domáhat ochrany i proti nečinnosti spočívající v nerozhodování v časových limitech, kterými sám sebe zavázal správní orgán tím, že stran těchto limitů vytvořil určitou správní praxi; tyto časové limity jsou pak pro správní orgán, jak výše podrobně zdůvodněno, právně závazné. (...)