Vydání 6/2025

[29] Krajský soud zrušil rozhodnutí stěžovatele z důvodu, že se ve vztahu k odvodu do Národního fondu a Státního fondu životního prostředí za porušení rozpočtové kázně, kterého se dopustila žalobkyně, uplatní podle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95. Současně konstatoval, že prekluzivní lhůtu podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel nelze považovat za delší lhůtu ve smyslu čl. 3 odst. 3 nařízení. Takovémuto závěru brání stručně řečeno to, že rozpočtová pravidla upravují toliko lhůtu pro vydání rozhodnutí („uložení sankce“) podle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení, a nikoli také lhůtu pro zahájení řízení („zahájení stíhání“) podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení, od níž teprve se odvíjí délka lhůty pro vydání rozhodnutí, dále, že podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel počíná běžet jiným okamžikem než lhůta pro vydání rozhodnutí, a nakonec, že u lhůty pro vydání rozhodnutí nepřichází v úvahu její prodlužování následkem stavení běhu lhůty podle § 41 s. ř. s., jak je tomu podle výkladu stěžovatele u prekluzivní lhůty podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel. V tomto ohledu krajský soud provedl výklad rozhodné právní úpravy, svůj právní názor jednoznačně formuloval a vypořádal se také s dosavadní judikaturou. Nejvyšší správní soud tudíž nepovažuje napadený rozsudek za vnitřně rozporný ani za nepřezkoumatelný z jiného důvodu.

[30] Posouzení stěžejní námitky stěžovatele, podle něhož je podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel delší lhůtou pro vydání rozhodnutí ve smyslu čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95, vyžaduje nejprve shrnutí rozhodné právní úpravy.

[31] Žalobkyně se opakovaně dopustila porušení rozpočtové kázně podle § 44 odst. 1 písm. b) rozpočtových pravidel neoprávněným použitím prostředků poskytnutých ze Státního fondu životního prostředí a Národního fondu, a podle § 44a odst. 1 písm. c) rozpočtových pravidel jí byly za tato jednání vyměřeny odvody do těchto fondů. Vyměření odvodů bylo také podstatou rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství vydaného v přezkumném řízení, které bylo k odvolání žalobkyně potvrzeno rozhodnutím stěžovatele. Tyto odvody tak měly být pravomocně vyměřeny v příslušné prekluzivní lhůtě.

[32] Rozpočtová pravidla stanoví lhůtu pro vyměření odvodu a penále za porušení rozpočtové kázně v § 44a odst. 8. Podle tohoto ustanovení […]

[33] Jelikož správu odvodů za porušení rozpočtové kázně vykonávají územní finanční orgány (nyní finanční úřady podle zákona č. 456/2011 Sb., o Finanční správě České republiky) podle daňového řádu, je třeba tyto odvody považovat za daň ve smyslu § 2 odst. 3 písm. b) daňového řádu. Nestanoví-li rozpočtová pravidla něco jiného, podle § 4 daňového řádu se při správě těchto odvodů podpůrně použije daňový řád nebo jeho jednotlivá ustanovení. Přednostně se tak použije lhůta pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel. Při neúplnosti její právní úpravy se však podpůrně použije i § 148 daňového řádu, který upravuje lhůtu pro stanovení daně.

[34] S prekluzivní lhůtou podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel souvisí dvě právní otázky, které mohou mít význam pro posouzení věci. První otázka se týká vztahu této lhůty k prekluzivní lhůtě podle čl. 3 nařízení č. 2988/95. Použití lhůty podle nařízení přichází v úvahu s ohledem na to, že porušení rozpočtové kázně týkající se prostředků z Národního fondu má povahu „nesrovnalosti“ podle čl. 1 odst. 1 nařízení, neboť jde o neoprávněný výdaj poškozující rozpočet Evropské unie nebo rozpočty jí spravované. Pojem „nesrovnalost“ musí být vykládán tak, že se vztahuje i na porušení vnitrostátních právních předpisů, které přispívají k zajištění řádného použití unijního práva týkajícího se řízení projektů financovaných z finančních prostředků Evropské unie (rozsudek Soudního dvora ze dne 26. 5. 2016, , C-260/14 a C-261/14, bod 37).

[35] Opakovaně zmíněný čl. 3 nařízení č. 2988/95 zní:

[36] Nařízení č. 2988/95 používá odlišné pojmosloví než rozpočtová pravidla. „“ nebo pro „“ či „“ podle čl. 3 odst. 1 nařízení má povahu prekluzivní lhůty (srov. rozsudek NSS čj. 5 Afs 4/2021-66, bod 28). Tento článek dopadá nejen na řízení, jehož účelem je uložení sankce trestní povahy, ale i na řízení směřující k uložení správního opatření ve smyslu čl. 4 nařízení (k tomu srov. např. rozsudky Soudního dvora ze dne 29. 1. 2009, --, C-278/07 až C-280/07, bod 22, nebo ze dne 7. 4. 2022, , C-447/20 a C-448/20, bod 70). Lhůty upravené v čl. 3 nařízení se tudíž uplatní i ve vztahu k oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, který svou povahou není sankcí (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 11. 2020, čj. 3 Afs 92/2018-32, bod 36), nýbrž správním opatřením. Přímo z čl. 3 odst. 1 prvního a čtvrtého pododstavce nařízení dále vyplývá, že lhůta pro vydání rozhodnutí („uložení sankce“) skončí uplynutím 8 let od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, ledaže se podle práva členského státu uplatní delší lhůta, jak to předpokládá čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95.

[37] Stěžovatel tvrdí, že takovouto delší lhůtou je stanovená v § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel. S tím souvisí druhá rozhodná právní otázka, zda se tato lhůta staví podle § 41 s. ř. s. Podle tohoto zvláštního ustanovení o běhu některých lhůt […]

[38] Pokud by se podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel nestavěla, byl by její poslední den jednoznačně určen uplynutím doby 10 let, která by počala běžet od 1. ledna roku následujícího po roku, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně. Jinak tomu ale bude při použití § 41 s. ř. s. V takovém případě by určení jejího posledního dne záviselo na tom, zda v jejím průběhu bylo vedeno řízení před správním soudem.

[39] Přestože podstatou napadeného rozsudku krajského soudu je první z uvedených dvou otázek, její zodpovězení by vzhledem k délce prekluzivních lhůt čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 a podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel mělo význam jen za předpokladu, že se ve vztahu k prekluzivní lhůtě podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel uplatní § 41 s. ř. s. Pouze při použití tohoto ustanovení by se totiž tato lhůta neuplatnila přede dnem nabytí právní moci žalobou napadeného rozhodnutí stěžovatele.

[40] Byla-li by rozhodnou lhůta podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, její poslední den by se při pochybení žalobkyně spočívajícím v porušení podmínky nepřekročit 30% podíl subdodavatelsky zajišťovaných prací z celkového objemu stavebních nákladů akce ve dnech 26. 8. 2011, 26. 9. 2011 a 31. 10. 2011 odvíjel od posledně uvedeného dne. Tato jednání představovala opakovanou nesrovnalost ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 (rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 1. 2007, , C-279/05, bod 44). V případě druhého pochybení, které spočívalo v zadání prací v jednacím řízení bez uveřejnění, aniž by k tomu byly splněny zákonné podmínky, by byl rozhodný den 29. 4. 2012. Platí však, že oběma platebními výměry (s přihlédnutím k jejich následným změnám) byl žalobkyni vyměřen odvod za porušení rozpočtové kázně vždy ve vztahu k oběma pochybením současně (jedním výměrem za obě pochybení ve vztahu k finančním prostředkům ze Státního fondu životního prostředí, druhým výměrem za obě pochybení ve vztahu k finančním prostředkům z rozpočtu Evropské unie). Pro posouzení zákonnosti platebních výměrů je tedy rozhodné plynutí lhůty, která počala plynout dříve, tedy dne 31. 10. 2011. Posledním dnem prekluzivní lhůty 8 let by tedy byl 31. 10. 2019 a rozhodnutí stěžovatele ze dne 30. 6. 2022, stejně jako jím potvrzené rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 22. 3. 2022, by byla vydána až po jejím uplynutí.

[41] Stejný následek by nastal i při použití prekluzivní lhůty podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel, jestliže by nebylo možné použít § 41 s. ř. s. V takovém případě by tato lhůta začala plynout dne 1. 1. 2012 a oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně by zaniklo dne 1. 1. 2022.

[42] Krajský soud se použitelností § 41 s. ř. s. nezabýval, byť tato právní otázka byla předestřena žalobkyní v její žalobě. Tuto právní otázku považoval za nadbytečnou, neboť dospěl k závěru o použitelnosti kratší prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Nejvyšší správní soud nicméně zastává názor, že nejdříve je třeba provést výklad zákonné úpravy, tedy vztahu § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel a § 41 s. ř. s., z něhož teprve vyplyne, zda má krajským soudem provedený výklad čl. 3 odst. 1 nařízení pro posuzovanou věc vůbec význam. Nejde jen o zachování posloupnosti jednotlivých právních otázek rozhodných pro řešení věci, od níž by při jednoznačné unijní úpravě prekluzivní lhůty bylo možné upustit. Nejvyšší správní soud také zohlednil, že v současnosti je před Soudním dvorem pod číslem C-539/24, vedeno řízení o jím položených předběžných otázkách v jiné věci, které se týkají výkladu čl. 3 odst. 1 a 3 nařízení č. 2988/95 (usnesení NSS ze dne 31. 7. 2024, čj. 10 Afs 82/2024-52).

[43] Předběžné otázky, které položil Nejvyšší správní soud, zní:

[…]

[44] Uvedené předběžné otázky se týkají právního posouzení, které provedl krajský soud, a Nejvyšší správní soud by v případě, že by na jejich posouzení záviselo rozhodnutí ve věci, své řízení přerušil a vyčkal na jejich zodpovězení Soudním dvorem. Tento postup však, jak bude uvedeno níže, nebyl nezbytný. Je tomu tak z toho důvodu, že na prekluzivní lhůtu podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel se podpůrně použije právní úprava lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, která použití § 41 s. ř. s. vylučuje.

[45] Nejvyšší správní soud se v minulosti zabýval obsahem a účelem zvláštního ustanovení § 41 s. ř. s. V průběhu jím stanoveného stavení běhu lhůty „[se]“. Účelem přijetí tohoto ustanovení „“. Tím měl být zajištěn „“ některých lhůt (rozsudek NSS ze dne 31. 5. 2012, čj. 9 Afs 72/2011-218, č. 2676/2012 Sb. NSS; tomu odpovídá také zvláštní část důvodové zprávy k navrhovanému § 40 s. ř. s., Poslanecká sněmovna, 3. volební období, 1998-2002, sněmovní tisk 1080/0). Stavení běhu prekluzivní lhůty podle § 41 s. ř. s. se vztahuje na běh subjektivních i objektivních lhůt (rozsudek NSS ze dne 15. 12. 2005, čj. 1 Afs 130/2004-90).

[46] Ustanovení § 41 s. ř. s. se vztahovalo na lhůtu pro vyměření daně podle § 47 zákona č. 337/1992, o správě daní a poplatků, který byl účinný do 31. 12. 2010. Tento zákon však byl k 1. 1. 2011 nahrazen daňovým řádem, který obsahuje úplnou právní úpravu vylučující použití tohoto ustanovení soudního řádu správního. Je tomu tak s ohledem na § 148 odst. 4 písm. a) daňového řádu, který stanoví, že . Zároveň je stanovena v § 148 odst. 5 daňového řádu, podle něhož (tj. od okamžiku, kdy se odvod za porušení rozpočtové kázně stal splatným). Jak vyplývá ze systematiky § 148 daňového řádu, toto ustanovení v odstavci 4 nejprve připouští stavení běhu lhůty, následně ale v odstavci 5 i ve vztahu k němu stanoví nejdelší možnou délku prekluzivní lhůty, kterou již nelze stavět ani přerušovat (blíže k tomuto výkladu srov. rozsudek NSS čj. 9 Afs 72/2011-218). Toto omezení se podle § 148 odst. 6 a 7 daňového řádu neuplatní pouze v případě pravomocného rozhodnutí o spáchání daňového trestného činu, nebo pro účely zániku trestnosti daňového trestného činu z důvodu účinné lítosti (srov. usnesení rozšířeného senátu ze dne 5. 2. 2025, čj. 1 Afs 231/2022-44, č. 4670/2025 Sb. NSS, bod 46).

[47] Vyloučení použití § 41 s. ř. s. se týkalo i lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, která počala plynout před účinností daňového řádu. Výjimkou byly pouze případy, v nichž bylo ještě před tímto okamžikem zahájeno řízení před soudem. Takové řízení je totiž ve smyslu § 264 odst. 4 věty druhé daňového řádu právní skutečností, která má vliv na běh prekluzivní lhůty a která nastala přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. Jeho účinky se proto posuzují podle dosavadních právních předpisů, tedy podle zákona o správě daní a poplatků, který použití § 41 s. ř. s. nevylučoval (srov. rozsudek rozšířeného senátu ze dne 1. 11. 2023, čj. 9 Afs 95/2021-64, č. 4543/2024 Sb. NSS, body 28 až 31).

[48] Rozpočtová pravidla neobsahují úplnou úpravu správy odvodu za porušení rozpočtové kázně, a tudíž není-li v nich obsaženo zvláštní pravidlo, podle § 4 daňového řádu se podpůrně použije daňový řád. To platí také pro úpravu lhůty pro vyměření tohoto odvodu podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel, která je zvláštní úpravou vůči lhůtě pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu. Zvláštní úprava podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel se nicméně omezuje na stanovení počátku a délky uvedené lhůty. Jde-li o možnost prodloužení, přerušení nebo stavení, v úvahu by přicházelo použití pravidel podle § 148 odst. 2 až 4 daňového řádu, nikoli však i § 41 s. ř. s., který se z důvodu podpůrného použití daňového řádu nevztahuje na lhůtu pro stanovení daně ani na lhůtu pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně. Není dán žádný důvod, pro který by se měl s ohledem na použitelnost daňového řádu uplatnit ke každé z těchto lhůt odlišný režim. Nic na tom nemění ani skutečnost, že vymezení lhůty pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně jako nejdelší možné fakticky vylučuje, aby mělo na její délku vliv případné prodloužení, přerušení nebo stavení podle § 148 odst. 2 až 4 daňového řádu. Stanovení této lhůty jako objektivní brání i podpůrnému použití kratší subjektivní lhůty podle § 148 odst. 1 daňového řádu (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 10. 2014, čj. 7 As 117/2014-29). Lhůta pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně je stejně jako lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 5 daňového řádu nepřekročitelná (srov. rozsudek NSS ze dne 27. 5. 2024, čj. 3 Afs 113/2022-36, bod 34).

[49] Lze uzavřít, že pravidlo o stavení běhu prekluzivní lhůty po dobu řízení před správním soudem podle § 41 s. ř. s. se ve vztahu ke lhůtě pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel (nyní § 44a odst. 11 rozpočtových pravidel, v účinném znění) nepoužije. Z tohoto důvodu není podstatné, zda se v posuzované věci uplatní podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 nebo podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel, ani zda je v tomto ohledu nutno rozlišovat mezi tím, zda jde o odvod za porušení rozpočtové kázně do státního fondu nebo do Národního fondu. Při jakémkoli posouzení těchto otázek by platilo, že již Odvolací finanční ředitelství vydalo dne 22. 3. 2022 v přezkumném řízení rozhodnutí nově stanovující výši odvodů za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty. Právní názor krajského soudu o zániku oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, na němž je založen napadený rozsudek, je podle Nejvyššího správního soudu správný, byť z jiných důvodů. Tím je opodstatněn závěr, že napadený rozsudek není nezákonným. Nejvyšší správní soud se za této situace již nezabýval ostatními námitkami stěžovatele, neboť by to bylo nadbytečné.